需要注意的是尽管健康人REM睡眠时相呼吸较规则，但在睡眠开始时也可见到几分钟的呼吸不稳定时期，到稳定睡眠后就消失，这一时期看到的呼吸暂停不存在呼吸运动，易被误认为CSAS，无症状的健康人也可出现阻塞性睡眠呼吸暂停，但通常每晚少于20次，仅有轻度动脉血氧饱和度降低，如果发生在REM睡眠时相，由于唤醒反应减弱，可导致明显的动脉血氧饱和度下降。
此外，易与睡眠呼吸暂停综合征混淆的呼吸暂停样现象有以下二种：①癫痫 没有紧张阵挛的轻度癫痫也可存在呼吸暂停，如发生在睡眠时或睡眠样的发作后状态可与睡眠呼吸暂停混淆，可借助脑电图鉴别，②陈-施氏呼吸 可见于心输出量减少或循环时间延长的患者，以及影响呼吸中枢的各种神经系统疾病和一些老年人，很难与中枢性呼吸暂停区别，而且两者可并存，但陈-施氏呼吸的呼吸幅度变化缓和，从小到大，然后变小至呼吸暂停，呼吸暂停时间较短，中枢性呼吸暂停倾向于突然发生，常合并唤醒反应，呼吸暂停时间较长，可达60s，此外，陈-施氏 呼吸可持续到清醒状态，而中枢性呼吸暂停在清醒时不出现，并且常在REM睡眠时加重。
OSAS也可与CSAS，肥胖低通气综合征，上气道阻力综合征共同存在或独立发生，但单纯的OSAS病人在清醒状态通常无高碳酸血症，而肥胖低通气综合征即使白天的PaCO2也常高于45mmHg。
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